La fondazione della chiesa (nel sito di un antico villaggio chiamato Silki), in origine annessa all’abbazia benedettina edificata accanto, è compresa tra gli anni 1065 e 1082, stando al Libellus Judicum Turritanorum.
Le testimonianze sul complesso monastico di Silki tra l’XI e il XIII secolo derivano dal Condaghe di San Pietro di Silki, documento redatto nel monastero. L’edificio venne riedificato in stile romanico nel XIII secolo, e a quest’epoca risalgono le poche parti della chiesa risparmiate dalle successive riedificazioni, effettuate tra il XV e il XVII secolo. Di notevole pregio è l’altare maggiore.
Ufficialmente il monastero di Silki passò ai frati Minori osservanti nel 1467, concesso loro dall’arcivescovo Antonio Cano e dalle autorità cittadine. A seguito del prodigioso ritrovamento dell’effige della beata Vergine delle Grazie ad opera del beato Bernardino da Feltre († 1494), la chiesa di san Pietro è divenuta un attrattivo luogo di culto mariano.
Ciò che rende questa chiesa un santuario è la radicata venerazione alla Vergine delle Grazie e la custodia del cuore di San Salvatore da Horta.
La comunità religiosa a cui è affidata oggi la custodia e l’animazione del santuario cerca di impegnarsi nella pastorale ordinaria ma anche nelle nuove forme di evangelizzazione.